2000年12月28日 北京市医药公司和北京市医药经济技术经营公司合并重组，成立北京医药股份有限公司。
2001年，5月，北京医药股份成为全国首批、北京市第一家通过国家GSP认证企业。从3月份筹备迎接检验，到5月通过检查，不到百天时间。
2002年7月公司与西门子德马泰克集团合作签约建设现代物流中心。建设全国首家现代医药物流中心，2003年正式投入使用。
2003年，受北京市委、市政府委托，承担了大量的医药物资保障供应任务，打赢抗击非典医用物资保卫战。
2006年12月，北京市社区卫生服务常用药品实行“政府集中采购、统一配送、零差率销售”的改革正式启动。北医股份一举获得全市18个区县中15个区县的药品配送权，赢得了一片社区市场新天地。
2008年，北医股份作为北京奥运会、残奥会唯一指定药品耗材配送服务商。圆满完成了对奥运村综合诊所、涉奥场馆医疗站点、奥运定点医院的药品、医疗器械配送任务。
