1950年6月1日，在西单北大街89号（今西单商场区域），北京市医药公司正式成立。这是新中国在北京成立的第一个国有医药商业公司。公司是在东北医药公司北京分公司（1949年4月成立）的基础上成立的，由卫生部直接领导。

1950年6月25日，朝鲜战争爆发。1951年6月，北京市医药公司积极响应 “抗美援朝，保家为国”的号召，全体员工昼夜奋战，大力组织货源，供应抗美援朝所需药品和医疗器械，价值80多万元。亲自包装、亲自运输，确保药品和医疗器械安全，为朝鲜战场救助志愿军伤员做出了积极的贡献。

1952年5月，公司改由北京市人民政府工商局领导。公司所属营业部改为北京市医药公司药品批发部。先后将联华医疗器械行，北京市工业器材公司西药部、北京市人民药房、北京市信托公司西药部、化学试剂业务并入北京市医药公司。同时，在北京市东华门大街53号建立麻醉和化学药品经营部，在东单西总布胡同成立了第三门市部。北京市的所有商业销售都由北京市医药公司统一管理、统一计划销售。迈出了计划经营医药供销的第一步。

1954年，公司在北京市宣武区马连道东街17号建设了市行业内最早、库容量最大的药品、医疗器械仓库，占地面积64亩，建有库房38栋，建筑面积16956平方米，储存能力1万余吨，年吞吐量6万余吨。马连道仓库现在依然是华润医药商业集团有限公司在北京的主要物流中心。